بالإضافة إلى الصكوك الدولية التسعة عشر، قام مجلس الأمن الدولي بدور نشط ومتزايد في مكافحة الإرهاب منذ أواخر التسعينات. وتبنى المجلس سلسلة من قرارات مكافحة الإرهاب، بعضها ملزم قانونا للدول الأعضاء في الأمم المتحدة كما تم تبنيها بموجب الفصل السابع من ميثاق الأمم المتحدة، وتشكل جزءا أساسيا من الإطار القانوني الدولي لمكافحة الإرهاب. وفيما يلي نظرة عامة على بعض قرارات مكافحة الإرهاب الرئيسية الصادرة عن مجلس الأمن التابع للأمم المتحدة: 1373 (2001) و1456 (2003) و1566 (2004) و2178 (2014). كما سيتم تحليل بعض قرارات مجلس الأمن التابع للأمم المتحدة التي تربط الإرهاب بأنواع محددة من الجرائم، مثل الاتجار بالأسلحة النارية والممتلكات الثقافية والاتجار بالبشر وتهريب المهاجرين، بإيجاز، مثل قرارات مجلس الأمن 2199 (2015) و2331 (2016) و2388 (2017).
وفي أعقاب الهجمات على الولايات المتحدة في عام 2001، أصدر مجلس الأمن الدولي القرار 1373 (2001)، والذي يطالب جميع الدول بضمان معاملة الجرائم المتعلقة بالإرهاب وتمويل الإرهاب على أنها جرائم خطيرة. يفوض قرار مجلس الأمن 1373 الدول بملاءمة قوانينها الوطنية مع الإطار الدولي القائم بشأن الإرهاب. ولم يتضمن القرار تعريفا للإرهاب، والذي جادل بعض العلماء في أنه يؤدي إلى "التنفيذ الوطني اللامركزي والعشوائي" (ساول، 2015).
وبعد ذلك، اتخذ مجلس الأمن القرارين 1456 (2003) و1566 (2004). ولا شك أن قرار مجلس الأمن 1456 هو أول قرار لمكافحة الإرهاب يذكر مسؤولية الدولة عن دعم "حقوق الإنسان" وحمايتها (الفقرة 6). كما يشير إلى العلاقة بين الإرهاب والنشاط الإجرامي: "يجب أيضا منع الإرهابيين من استخدام أنشطة إجرامية أخرى مثل الجريمة المنظمة العابرة للحدود الوطنية، والمخدرات غير المشروعة والاتجار بالمخدرات، وغسل الأموال، والاتجار بالأسلحة غير المشروعة". بينما يحدد قرار مجلس الأمن 1566 مبادئ توجيهية لتحسين التنفيذ الوطني لقرار مجلس الأمن 1373. ويدعو قرار مجلس الأمن 1566 الدول إلى منع ومعاقبة :
الأعمال الإجرامية، بما في ذلك تلك التي ترتكب ضد المدنيين بقصد إلحاق الموت بهم أو إصابتهم بإصابات جسمانية خطيرة، أو أخذ الرهائن بغرض إشاعة حالة من الرعب بين عامة الجمهور أو جماعة من الأشخاص أو أشخاص معينين، أو لتخويف جماعة من السكان، أو إرغام حكومة أو منظمة دولية على القيام بعمل ما أوعدم القيام به [...] لا يمكن تحت أي ظرف من الظروف تبريرها بأي اعتبارات ذات طابع سياسي أو فلسفي أو عقائدي أو عنصري أو عرقي أو ديني أو أي طابع آخر من هذا القبيل [...] (الفقرة 3).
استجابة لظهور الكيان المسمى الدولة الإسلامية، أصدر مجلس الأمن القرار 2178 (2014)، الذي يطالب جميع الدول بضمان أن يكون السفر المرتبطً بتخطيط أو تدريب أو تنفيذ تدريب إرهابي، أو للمشاركة في أعمال إرهابية يُجرَّم بموجب التشريعات الوطنية ويُعامل على أنه من الجرائم الخطيرة. ويتطلب هذا القرار أن تمنع الدول الأفراد الذين يُعتقد أنهم "مقاتلون إرهابيون أجانب" من عبور حدودهم، وأن يحظروا تمويل هؤلاء الأفراد؛ وأن يقوموا بملاحقة وتأهيل وإعادة إدماج "المقاتلين الأجانب العائدين"؛ ووقف "تجنيد أو تنظيم النقل أو التجهيز" لأي شخص يسافر للخارج للقيام بأعمال إرهابية أو للتدريب. وفي وقت لاحق، كرر قرار مجلس الأمن 2396 (2017) أهمية اعتماد استراتيجيات فيما يتعلق بحركة المقاتلين الإرهابيين الأجانب والعائدين وملاحقتهم وإعادة تأهيلهم وإعادة إدماجهم، وتعزيز التدابير القضائية والتعاون الدولي.
واضافة الى ذلك، وبهدف وضع حد للتجارة مع الجماعات المنتسبة لتنظيم القاعدة، اتخذ مجلس الأمن بالإجماع القرار 2199 (2015)، الذي يدين تدمير التراث الثقافي في العراق وسوريا ويقرر أنه ينبغي لجميع الدول الأعضاء اتخاذ خطوات من أجل منع التجارة في المواد ذات الأهمية الثقافية والعلمية والدينية من أي من البلدين. وأكد القرار نفسه من جديد التزام الدول بمنع الجماعات من حيازة الأسلحة والمواد ذات الصلة.
أعرب مجلس الأمن في قرارات متعددة عن إدانته لجريمة الاتجار بالأشخاص التي ترتكبها الجماعات الإرهابية (مثل: 2331 (2016) و2379 (2017) و2380 (2017) و2388 (2017)). والجدير بالذكر أن القرار 2331 (2016) أدان على وجه التحديد "جميع أعمال الاتجار، ولا سيما بيع أو الاتجار بالأشخاص من قبل "دولة العراق الإسلامية والشام" (المعروفة أيضًا باسم داعش)، بما في ذلك اليزيديين وغيرهم من الأشخاص المنتمين إلى أقليات دينية وعرقية، وكذلك "الاتجار بالأشخاص والانتهاكات وغيرها من الانتهاكات التي ترتكبها بوكو حرام، حركة الشباب، جيش الرب للمقاومة، وغيرها من الجماعات الإرهابية أو المسلحة لغرض الاسترقاق الجنسي والاستغلال الجنسي والعمل الجبري ". وفي قراره 2388 (2017)، كرر مجلس الأمن هذه الإدانة وشدد على أن الاتجار يقوض سيادة القانون ويسهم في أشكال أخرى من الجريمة المنظمة العبر الوطنية التي يمكن أن تعزز انعدام الأمن وعدم الاستقرار وتفاقم النزاع. وأخيرا، أصدر المجلس أيضا قرارات ذات صلة تشير إلى الروابط المحتملة بين الاتجار بالأشخاص وتهريب المهاجرين والإرهاب، مع الإشارة في معظم الأحيان إلى الأوضاع في ليبيا ومالي (على سبيل المثال، انظر 2240 (2015) و2380 (2017) بشأن ليبيا، و2374 (2017) بشأن مالي).
في عام 2019، كرر مجلس الأمن الإعراب عن القلق من أن يستفيد الإرهابيون من الجريمة المنظمة (المحلية أو عبر الوطنية) كمصدر للتمويل أو الدعم اللوجستيكي، ومن جرائم مثل الاتجار بالأشخاص، الأسلحة، المخدرات، الممتلكات الثقافية إضافة الى الاتجار غير المشروع بالمواد الطبيعية، الاختطاف مقابل فدية، الابتزاز، السطو على البنوك والجريمة المنظمة عبر الوطنية عن طريق البحر. وسلط مجلس الأمن الضوء على أهمية مواصلة تعزيز الجهود المبذولة لمكافحة الفساد وتمويل الأعمال الإرهابية إضافة الى غسل الأموال والأنشطة المتعلقة بالمخدرات غير المشروعة (انظر القرارين 2462 (2019) و 2482 (2019)).